农村合作医疗异地报销要办理的手续如下：
1、就诊医院已经开通即时结报，这时患者入院时出示医疗本、身份证、以及在当地农合办开具的转诊审批表，就可以在就诊医院直接报销；
2、就诊医院未开通即时结报的，这需要患者回当地报销。
3、患者携带在农合办开具的转诊审批表在医院住院，并加盖医院公章；
4、患者住院时全额自费，出院时携带以下资料回当地农合办报销：
出院证、诊断证明书、、费用总清单、出院病历等。
异地就医申报程序：
1、参保人办理异地就医确认手续后，方可在经认定的异地定点医疗机构就医。其个人医疗帐户金额可凭医保卡的任一营业网点支取，用于支会门诊一般疾病费用及在药店购药配药的费用。参保人员患病住院（含门诊特定项目治疗）可到已认定的当地定点医疗机构进行住院和门诊特定项目治疗，医疗费用先由个人垫付，自出院之日起1个月内，凭以下资料由参保单位向市医保中心申请报销；
（1）医疗保险卡的正反面复印件；
（2）已确认的《异地就医申请表》复印件；
（3） 出院或诊断证明，属门诊特定项目的医疗费用需附经市医保中心审批的《门特申请单》复印件（急诊留观除外）；
（4）医疗费用开支明细清单；
（5）医疗费用的正式了票（背后有报销人签名）；
2、参保人员到外地（不包括港、澳、台地区）出差、学习、探亲期间患急病时，可到当地公立医院就医，门诊医疗费用由参保人员自理；经核准的住院（含急诊留观治疗）所发生的费用，由参保人现金垫付后，由单位经办人凭经下资料到市医保中心申请零星报销：
（1）参保人单位证明；
（2）医疗保险卡正、反面复印件；
（3）出院或诊断证明；
（4）医疗费用开支明细清单；
（5）医疗费用（背后有报销人答名）；
（6）住院病历复印件。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
